酶在饲料中的主要作用是提高饲料中消化养分的比例，提高饲料的利用率。动物饲料主要分为谷物类及粕类，植物细胞壁的存在影响了养分的消化吸收。猪、禽等自然分泌的酶无法分解细胞壁，所以只有在饲料中补加相应的酶才能将其降解。

玉米、大麦等谷类以及麦麸、饼粕等农副产品，经添加纤维素酶类、半纤维素酶和果胶酶，在几组酶的协同作用下才能破坏植物的细胞壁，使其变得松软，促使细胞壁及其细胞内容物在动物胃肠中消化吸收，从而提高饲料利用率。木聚糖酶在家禽日粮中的应用较为广泛。研究表明，木聚糖酶能有效促进饲料营养物质吸收消化，提高家禽生产性能。徐骏等报道，添加木聚糖酶0.05%使试验组仔鸡增重提高，而料重比降低。

抗营养因子具有抗营养作用，不同饲料成分含有不同的抗营养因子。抗营养因子产生作用的方式包括抗营养因子在畜禽胃肠道内与养分结合形成复合物，从而阻止养分的吸收;另外抗营养因子直接抑制对养分消化吸收具有促进作用的内源酶活性，饲料中的半纤维素和果胶溶于水后会产生黏性溶液，增加了消化道内容物的黏稠度，使营养物质和内源酶难以扩散，缩短了饲料通过肠道的时间，影响了动物的消化吸收。

在复合酶的协同作用下，可将纤维素、果胶以及糖蛋白降解为单糖和寡糖，降低了肠道内容物的黏稠度，减少了此类物质对消化利用的阻碍，增加了养分的消化吸收。据报道，饲料中添加酶制剂还能激活内源酶的分泌，从而提高饲料的消化利用率，促进动物生长。木聚糖酶的添加也可以促进纤维在反刍动物瘤胃中的消化。高春生等报道，在草鱼基础饲料中添加木聚糖酶0.05%-0.2%，结果发现，草鱼增重率提高，饵料系数降低，干物质、粗蛋白质、粗脂肪和粗纤维的消化率提高。